Команда с участием студентов института живых систем БФУ им.И.Канта заняла первое место в конкурсе научных проектов на хакатоне в МФТИ

10 Августа 2017
Четверо студентов Института живых систем БФУ им.И.Канта приняли участие в летней школе по биоинформатике в МФТИ (Москва).
Среди участников  - студенты специальности «Биоинженерия и биоинформатика»:
Алина Михайлова, 3 курс; Елизавета Зезюля, 3 курс; Ирина Алумянц, 2 курс; Анастасия Сокол, 2 курс.

Елизавета Зезюля:
Мы подали заявки и мотивационные письма и после того, как прошли отбор, получили возможность принять участие в хакатоне. Там было очень плотное расписание, большое количество лекций по различным темам, и в основном они были связаны с обработкой данных, машинным обучением, новейшими методиками исследования геномов. Отдельным блоком шли игры на командообразование. С 3 по 4 августа проходил сам хакатон, и все ребята из БФУ им.И.Канта попали в разные команды. У меня была тема анализ данных single cell RNA-seq. По результатам защиты, наша команда заняла первое место. Наш проект был от компании «Epam», эта компания находится в Питере и занимается решением биоинформационных и прикладных задач. Мы работали исключительно с теми проектами, которые могут быть реально реализованы в индустрии.

Суть проекта-победителя заключалась в поиске ответа на вопрос, как работают гены в клетке. Ребята брали одиночную клетку и расшифровывали последовательности РНК. По уровню работы генов они могли судить о процессах, которые в ней  проходят.

Елизавета Зезюля: У нас был большой набор клеток – 4 000. С помощью математической обработки мы нормировали всю имеющуюся информацию, убрали лишнее, и в итоге остались только те данные, которые нам подходят. Следующая задача состояла в их кластеризации. Мы выбрали базу данных PBMC (мононуклеарные клетки периферической крови). В дальнейшем необходимо было их типировать по тем генам, которые входят в состав. На это ушла львиная доля времени: мы пробовали разные методы кластеризации. С биологической точки зрения мы использовали несколько баз данных, а с точки зрения информатиков, мы использовали несколько этапов обработки. Работали очень слаженно, в нашей команде взаимодействовали информатики и биологи. Всего нас было 5 человек: два биолога, два программиста и когнитивист. По итогам защиты, нам поступило предложение от компании Epam о сотрудничестве. Нам – калининградцам - взаимодействовать с ними тяжело, а вот коллеги из Санкт-Петербурга уже ведут переговоры о совместной работе.

_S2A9997.jpg

Ирина Алумянц:
Наш проект тоже участвовал в хакатоне. Он назывался «Разработка метода точного предсказания положения промоторов». Мы работали с геномом риса посевного. Нам дали 180 000 кусков ДНК риса длиной 2 000 нуклеотидов каждый. Главная задача состояла в том, чтобы при помощи методов машинного обучения создать алгоритм, который находил бы TSS (Transcription start site) - точку начала транскрипции - на каждом куске. Промоторы нам нужны были для того, чтобы алгоритм смог находить TSS по консервативным последовательностям в самих промоторах. Предварительно было известно, что на каждом этом куске точно есть TSS. Мы использовали метод свёрточных нейронных сетей (CNN). При тестировании данных наша модель успешно работала.


ВКонтакт Facebook Twitter Mail.Ru

  Возврат к списку