Центр геномных исследований

Попадьин.png

Попадьин Константин Юрьевич 

Профессор-исследователь института живых систем БФУ имени Канта

Старший научный сотрудник (senior PostDoc) Центра Интегративной генетики университета в Лозанне (Швейцария),

   Ученая степень: кандидат биологических наук

595595, добавочный 6633

Konstantinpopadin@gmail.com

Официальный сайт лаборатории


Цели:

  • Взломать генетический код митохондрий млекопитающих.
Условно это называется «биохакинг» или взлом генетического кода с целью модификации свойств живого организма. В отличие от программного кода, генетический код имеет материальную природу (химическое вещество) и реализуется благодаря множеству биохимических реакций. До настоящего времени генетический код митохондрий млекопитающих остается неприступным, вероятно, в силу колоссальной важности митохондрий в функционировании клетки, а как следствие, направленной эволюции кода в сторону блокирования путей вмешательства в его структуру. Тем не менее, разработка подходов перекодирования генетического аппарата митохондрий открывает небывалые возможности как в тестировании гипотез, выдвинутых на основе биоинформатического анализа, так и для разработки методов генной терапии наследственных заболеваний митохондриальной этиологии.

ВОТ ЭТА.jpg


Основные направления деятельности лаборатории является:

  • разработка технологий перекодирования генома митохондрий человека, а так же систем доставки функциональных макромолекул в митохондрии челове

Команда

Мазунин.pngМазунин Илья Олегович

ведущий научный сотрудник

института живых систем БФУ им. И. Канта

Ученая степень: кандидат биологических наук

595595, добавочный 6633

IMazunin@kantiana.ru


Гунбин Константин 

ведущий научный сотрудник; Кандидат биологических наук

Зубарев Илья 

старший научный сотрудник; Кандидат биологических наук

Верещагина Наталия

младший научный сотрудник, аспирант 3 года специальности «Физиология человека»

телефон 595595 (6633)

Никитчина Наталия 

лаборант, студент 5 курса специальности «Биоинженерия и биоинформатика»

телефон 595595 (6633)

Ткач Регина 

лаборант, студент 5 курса специальности «Биоинженерия и биоинформатика»

телефон 595595 (6633)

Шебанов Никита 

лаборант, студент 5 курса специальности «Биоинженерия и биоинформатика»

телефон 595595 (6633)

Михайлова Алина Геннадьевна 

биолог

Илинский Юрий 

биолог;

Чупахин Евгений

биолог;

Аскартова Екатерина

 биолог;

Третьяков Евгений 

биолог;

Козел Анастасия 

лаборант

Михайлова Алина Андреевна 

лаборант

Ушакова Кристина 

лаборант

Сокол Анастасия 

лаборант

Ильющенко Дмитрий 

лаборант

Шолохова Ксения 

лаборант

Зезюля Елизавета 

лаборант

Юрченко Михаил 

лаборант

Тимонина Валерия 

лаборант

Кузьминкова Анастасия 

лаборант

Валерия Лобанова 

лаборант

Анастасия Новичкова 

лаборант

Вяткин Юрий Викторович 

инженер

Шаманский Виктор

 инженер


Научно-исследовательские проекты группы





 
Лаборатория молекулярно-генетических технологий проводит ряд исследований совместно с российскими и иностранными лабораториями по следующим тематикам:   

1. Поиск патогенных мутаций в ДНК митохондрий у пациентов с глаукомной оптической нейропатией (ФГБНУ "Институт экспериментальной медицины", Санкт-Петербург, Россия)

2. Изменчивость генов митохондриального биогенеза в норме и патологии (Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН, Новосибирск, Россия)

3. Технологии манипуляции уровнем гетероплазмии патогенных мутаций мтДНК (Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия)

4. Разработка протоколов модификации насекомых через генетические системы эндосимбионтов (Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия)

5. Внедрение в практическую медицину процедуры ЭКО с использованием донорских митохондрий (Европейский медицинский центр, Москва, Россия)

6. Изучение импорта РНК в митохондрии клеток человека (Университет Страсбурга, Страсбург, Франция)

7. Разработка систем редактирования генома митохондрий человека (Университет Бонна, Бонн, Германия).

8. Эволюционная и популяционная митохондриальная генетика (Университет Лозанны, Лозанна, Швейцария)

9. Роль митохондрий в старении клеток человека (Институт старения, Токио, Япония).


Публикации

Scopus/Web of Science

Mikhailova, A., Bazykin, G., Mazunin, I., Gunbin, K., Kunz, W., Reymond, A., Tanaka, M., Khrapko, K., Popadin, K. Deleterious in late life mitochondrial alleles and aging: secrets of Japanese centenarians. Philosophical Transactions of the Royal Society B (under review)

Ilinsly, Y., Mazunin I. Estimation of Wolbachia titer in Drosophila melanogaster stocks by droplet digital PCR approach. Protoplasma (under review)

Martemyanov, V., Bykov, R., Yudina, M., Gninenko, Y., Romancev, S., Bolonin, I., Mazunin, I.,  Belousova, I., Akhanaev, Y., Pavlushin, S., Ilinsky, Y. Genetic Evidence of Broad Migration of Lymantria dispar in the West Siberia Region. Scientific Reports (under review)

Skuratovskaia, D., Zatolokin, P., Vulf, M., Mazunin, I., Litvinova, L. Interrelation of chemerin and TNF-α with mtDNA copy number in adipose tissues and blood cells in obese patients with and without type 2 diabetes. BMC Medical Genomics (under review)

Litvinova, L., Zatolokin, P., Vulf, M., Mazunin, I., Skuratovskaia, D. The relationship between the mtDNA copy number in insulin-dependent tissues and markers of endothelial dysfunction and inflammation in obese patients. BMC Medical Genomics (under review)

Bykov, R.A., Yudina, M.A., Gruntenko, N.E., Zakharov, I.K., Voloshina, M.A.,  Melashchenko, E.S., Danilova, M.V., Mazunin, I.O., Ilinsky, Y.Y. Prevalence and genetic diversity of Wolbachia endosymbiont and mtDNA in Palearctic populations of Drosophila melanogaster (2018) BMC Evolutionary Biology (in press)

Mazunin I. Human mitochondrial genome surgery (2018) Genes & Cells (in press)

Verechshagina, N.A., Konstantinov, Y.M., Kamenski, P.A., Mazunin, I.O. Protein and nucleic acid import into mitochondria (2018) Biochemistry (Moscow) (DOI: 10.1134/S0006297918060032)

Verechshagina, N., Nikitchina, N., Yamada, Y., Harashima, H, Tanaka, M., Orishchenko, K., Mazunin, I. Future of human mitochondrial DNA editing technologies (2018) Mitochondrial DNA Part A (DOI: 10.1080/24701394.2018.1472773)

Mazunin, I.O., Volodko, N.V. Leber hereditary optic neuropathy (2018) Vestnik Oftalmologii (DOI: 10.17116/oftalma2018134292-96)

Skuratovskaia, D.A., Sofronova, J.K., Zatolokin, P.A., Popadin, K.Y., Vasilenko, M.A., Litvinova, L.S., Mazunin, I.O. Additional evidence of the link between mtDNA copy number and the body mass index (2018) Mitochondrial DNA Part A (DOI: 10.1080/24701394.2018.1436170)

Skuratovskaia, D.A., Sofronova, J.K., Zatolokin, P.A., Vasilenko, M.A., Litvinova, L.S., Mazunin, I.O. The association of the mitochondrial DNA OriB variants with metabolic syndrome (2017) Biomeditsinskaya Khimiya, 63 (6), pp. 533-538.

Sofronova, J.K., Ilinsky, Y.Y., Orishchenko, K.E., Chupakhin, E.G., Lunev, E.A., Mazunin, I.O. Detection of mutations in mitochondrial DNA by droplet digital PCR (2016) Biochemistry (Moscow), 81 (10), pp. 1031-1037.

Orishchenko, K.E., Sofronova, J.K., Chupakhin, E.G., Lunev, E.A., Mazunin, I.O. Delivery Cas9 into mitochondria (2016) Genes & Cells, XI (2), pp. 100-105

Toshchakov, S.V., Korzhenkov, A.A., Samarov, N.I., Mazunin, I.O., Mozhey, O.I., Shmyr, I.S., Derbikova, K.S., Taranov, E.A., Dominova, I.N., Bonch-Osmolovskaya, E.A., Patrushev, M.V., Podosokorskaya, O.A., Kublanov, I.V. Complete genome sequence of and proposal of Thermofilum uzonense sp. nov. a novel hyperthermophilic crenarchaeon and emended description of the genus Thermofilum (2015) Standards in Genomic Sciences

Mazunin, I.O., Levitskii, S.A., Patrushev, M.V., Kamenski, P.A. Mitochondrial matrix processes (2015) Biochemistry (Moscow), 80 (11), pp. 1418-1428.

Patrushev, M.V., Mazunin, I.O., Vinogradova, E.N., Kamenski, P.A. Mitochondrial fission and fusion (2015) Biochemistry (Moscow), 80 (11), pp. 1457-1464.

Sokhonevich, N.A., Yurova, K.A., Gutsol, A.A., Khaziakhmatova, O.G., Mazunin, I.O., Litvinova, L.S. Effects of Immunoregulatory Cytokines (IL-2, IL-7, and IL-15) on Expression of Gfi1 and U2afll4 Genes in T Cells at Different Stages of Differentiation (2015) Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 4 p.

Patrushev, M.V., Kamenski, P.A., Mazunin, I.O. Mutations in mitochondrial DNA and approaches for their correction (2014) Biochemistry. Biokhimiia, 79 (11), pp. 1151-1160.

Mozheĭ, O.I., Zatolokin, P.A., Vasilenko, M.A., Litvinova, L.S., Kirienkova, E.V., Mazunin, I.O. Evaluating the mitochondrial dna copy number in leukocytes and adipocytes from metabolic syndrome patients: pilot study (2014) Molekuliarnaia biologiia, 48 (4), pp. 677-681.

Litvinova, L.S., Kirienkova, E.V., Mazunin, I.O., Vasilenko, M.A., Fattakhov, N.S. Pathogenesis of insulin resistance in metabolic obesity (2014) Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 8 (3), pp. 192-202.

Litvinova, L.S., Mazunin, I.O., Gutsol, A.A., Sokhonevich, N.A., Khaziakhmatova, O.G., Kofanova, K.A. Dose-response effect of steroid hormones on Gfi1 and U2af1l4 gene expression in T lymphocytes at different stages of differentiation (2013) Molecular Biology, 47 (4), pp. 572-580.

Sukernik, R.I., Volodko, N.V., Mazunin, I.O., Eltsov, N.P., Dryomov, S.V., Starikovskaya, E.B.

Mitochondrial genome diversity in the tubalar, even, and ulchi: Contribution to prehistory of native siberians and their affinities to native americans (2012) American Journal of Physical Anthropology, 148 (1), pp. 123-138.

Sukernik, R.I., Volodko, N.V., Mazunin, I.O., Eltsov, N.P., Starikovskaya, E.B. The genetic history of Russian old settlers of polar northeastern Siberia (2010) Russian Journal of Genetics, 46 (11), pp. 1386-1394.

Mazunin, I.O., Volodko, N.V., Starikovskaya, E.B., Sukernik, R.I. Mitochondrial genome and human mitochondrial diseases (2010) Molecular Biology, 44 (5), pp. 665-681.

Mazunin, I.O. Modern concepts of the miotochondrial structure and functions (2010) Russian Journal of Genetics, 46 (9), pp. 1100-1101.

Eltsov, N.P., Volodko, N.V., Starikovskaya, E.B., Mazunin, I.O., Sukernik, R.I. The role of natural selection in the evolution of mitochondrial haplogroups in Northeastern Eurasia (2010) Russian Journal of Genetics, 46 (9), pp. 1105-1107.

Volodko, N.V., Starikovskaya, E.B., Mazunin, I.O., Eltsov, N.P., Naidenko, P.V., Wallace, D.C., Sukernik, R.I. Mitochondrial Genome Diversity in Arctic Siberians, with Particular Reference to the Evolutionary History of Beringia and Pleistocenic Peopling of the Americas (2008) American Journal of Human Genetics, 82 (5), pp. 1084-1100.








































Главная страница